Resulta evidente su forma eclesiástica (con dos órdenes dórico y jónico superpuestos), con sus medias columnas lisas enfatizando el carácter religioso del conjunto.

Ocupa la zona occidental del Monasterio. Esta organizada siguiendo un esquema cruciforme, con cuatro brazos que enmarcan cuatro pequeños claustros, llamados Patios Chicos. El centro de la cruz está constituido por un elevado zaguán, verdadera lucerna interior de sobria apariencia y torre enchapitelada al exterior. Daba paso a cuatro salas rectangulares: la cocina, el refectorio, la caja de necesarias y la ropería.

Ocupa la zona oriental del convento. Es una estructura de dos pisos con arcos sobre pilares y medias columnas dóricas y jónicas, en correcta superposición de los órdenes clásicos: su configuración parte de los patios romanos renacentistas, pero los supera por su amplitud y horizontalidad. En el centro se halla el célebre templete de los Evangelistas, última obra de Juan de Herrera para el monasterio: el exterior es de granito mientras que el interior está chapado de ricas piedras duras y se presenta como un tholos clásico. Está coronado por una cúpula también de granito. Posee estructura centralizada con planta pseudoctogonal.

El también denominado "Palacio de los Austrias" ocupa todo el mango de la parrilla de El Escorial y parte del patio Norte, construido en dos pisos alrededor del presbiterio de la Basílica y en torno al Patio de Mascarones. Sigue el mismo esquema arquitectónico del Palacio de Carlos V en el Monasterio de Yuste. Actualmente solo se pueden visitar los Cuartos Reales y la Sala de Batallas. En las dependencias privadas de los Reyes se pueden contemplar importantes obras pictóricas de la escuela española de principios del XVII, de la escuela italiana y veneciana del siglo XVI, y de las escuelas flamencas del XVI y XVII, entre ellos San Cristóbal en el vado de Joachim Patinir.

En claro contraste con la austera monumentalidad del Palacio de los Austrias, se yergue el Palacio de los Borbones. Construido al norte de la Basílica, alrededor del Patio del Palacio, el complejo de habitaciones tiene su origen en época de Felipe II, cuando en esa zona se instalaron los aposentos de los Infantes (lado noreste del patio), la Galería de Batallas (lado sur) y las cocinas y zonas del servicio (lado oeste).

Bajo el reinado de Carlos III, esta área fue habitada por los entonces Príncipes de Asturias. Cuando estos ascendieron al trono, en 1788, como Carlos IV y María Luisa de Parma, decidieron mantener sus aposentos en la misma zona y no trasladarse a la "Casa del Rey". Los nuevos monarcas encargaron una nueva escalinata de acceso al arquitecto Juan de Villanueva que fue terminada en 1793. Los interiores fueron además aderezados con suntuosos tapices diseñados por Bayeu o Goya y un rico mobiliario. Fernando VII fue el último monarca en hacer uso de estos aposentos.

Situados en la zona norte, en un principio fueron ideados como área de servicios, función que sólo permanecería en uno de sus cuatro patios. El seminario y el colegio disponían de cocinas, refectorio, necesarias y dormitorios, añadiéndose las correspondientes aulas para las lecciones y un pasadero utilizado como lugar de recreo.

Se halla en la parte central delantera. Es un enorme salón abovedado.Adosadas a sus muros quedan las estanterías de madera bicroma compuestas de columnas dóricas con pedestales, entablamento con triglifos y metopas y bolas de remate.

Situada en el centro, precede a la basílica. Está compuesta de tenues pilastras asimétricas y al final consta de una escalinata que da paso al templo "sacralizando " de este modo el pavimento elevado de la basílica.

Antes de penetrar en el templo, se accede primero a la capilla pública del sotacoro, capilla funeraria y privada. Se trata de una estructura centralizada, célebre por su planísima bóveda vaída central, y cuya planta repite a menor escala la zona principal. La zona de la basílica propiamente dicha consta de un cuerpo centralizado, de planta cuadrada y ábsides planos, con cúpula central y cuatro bóvedas de cañón, mientras que los espacios de las esquinas se cubren con vaídas.

La planta se inspiró en San Pedro de Roma, pero cuadrando sus ábsides curvos. Todas sus bóvedas, de ladrillo, surgen de los muros, horadados en lo alto por un pasadizo que recorre su perímetro interior, y de cuatro grandes pilares ochavados, decorados con parejas de pilastras dóricas. A este bloque central se le añade, longitudinalmente, el sotacoro centralizado y el coro alto a los pies y en la cabecera el sancta sanctorum ancho y poco profundo. La iglesia es de dramática iluminación gracias a su empleo de vanos termales y a la luz cenital de su cúpula.

La cúpula es de granito careciendo de revestimiento al exterior. Por primera vez se materializa en España una verdadera cúpula de tambor, más a la manera renacentista que a la romana. La cubrición de la Basílica es de madera (mediante arcadas de ladrillo longitudinales a la bóveda) cubierta con planchas de plomo y teja de pizarra.

Están situados en el centro de la fachada norte y consta de cuatro partes: Sala de San Mauricio, el Museo de Arquitectura, la Galería de Batallas y el Museo de Pintura.

Se divide en el de los Reyes(s. XVII, barroco, 1 sala) y el de los Infantes(s. XIX, ecléctico, 8 salas).

Panteón de los Reyes: Consta de una cámara circular cubierta con media naranja y cuya circunferencia se segmenta en ocho tramos. Originalmente era de granito pero Felipe III la ordenó revestir de mármoles y bronces.

Panteón de Infantes: Se construyó por iniciativa de Isabel II. El estilo del conjunto da lugar a formas nuevas de pesadez verdaderamente sepulcral. La fría riqueza del material, su colorido y el interés histórico forman su atractivo.

También llamada de Arriba, construida por Juan de Villanueva entre 1771 y 1773. Destaca su noble arquitectura jónica se integra en un jardín aterrazado, a la italiana.

También denominada de Abajo, construida al mismo tiempo de la anterior y ampliada entre 1781 y 1784. Además de la mayor envergadura del proyecto, esta casa aventaja a la del Infante en la mejor conservación de su decoración interior.